GKPB (Gereja Kristen Protestan di Bali) berdiri sebagai Sinode mulai pada tahun 1949 dengan dikeluarkannya badan Hukum No.8 tanggal 11 Agustus 1949, berdasarkan staadblat nomer 214 bertempat di Blimbingsari. GKPB sebagai Sinode berbentuk Presbiterian Sinodal yaitu kewenangan tertinggi terletak pada sidang sinode yang terdiri dari beberapa wakil majelis jemaat yang mewakili jemaat-jemaat yang ada di lingkungan GKPB. Tahun 1960 GKPB diteriama sebagai anggota DGI atau sekarang PGI di Jakarta. Dalam perjalanan sejarahnya GKPB sebagai Sinode pernah berkantor pusat di Untal-Untal, Debes No. 6 Denpasar, Jl. Sutomo No. 101 Denpasar dan sekarang berkantor pusat di Jl. Raya Kapal No.20 Kapal Mengwi Badung.